Towarzystwo utrzymuje kontakty z Ministerstwem Zdrowia, zwłaszcza z Departamentem Nauki i Szkolnictwa Wyższego, a także z organami resortu odpowiedzialnymi za sprawy dotyczące farmacji i leków. Szczególnie ścisłe kontakty utrzymywane są z Urzędem Rejestracji Produktów Leczniczych, Wyrobów Medycznych i Produktów Biobójczych, jak i z Głównym Inspektoratem Farmaceutycznym.
Kształcenie podyplomowe farmaceutów, obejmuje dwie zasadnicze formy szkolenia: kształcenie ustawiczne (ciągłe), które regulowane jest rozporządzeniem ministra zdrowia z dnia 25 czerwca 2003 r., Dz.U. nr 132, poz.1238 oraz kształcenie specjalizacyjne regulowane rozporządzeniem ministra zdrowia z dnia 15 maja 2003 r., Dz.U. nr 101, poz 941.